L'histoire de Naruto se déroule dans un monde rétro-futuriste où, bien que de nombreuses technologies modernes aient vu le jour, les ninjas et, dans une moindre mesure, les samouraïs sont restés de véritables puissances militaires. Regroupés en villages plus ou moins puissants depuis un peu moins d'un siècle, les ninjas se livrent à une guerre parfois ouverte parfois « froide » entre les différentes factions depuis plusieurs siècles.
L'un des atouts dont ils disposent dans ce conflit est le groupe de neuf créatures, appelé les Démons à queues, qui peuvent être absorbées par les humains après une cérémonie sacrificielle afin qu'ils disposent de leur puissance. Douze années avant le début du récit, l'une de ces créatures, appelée Kyûbi, a été capturée et implantée dans un nouveau-né nommé Naruto Uzumaki par le quatrième Hokage du village de Konoha.

La suite de Naruto, Naruto est maintenant un adolescent qui va devoir faire face à l'Akatsuki qui veut regroupé démons à queues pour former le Bijû.