Ère Cosmique année 71. Voilà un an et demi que la guerre a commencé entre les Naturels et les Coordinateurs et les conflits n'ont cessé de s'aggraver.
Sur Heliopolis, une colonie spatiale neutre, Kira Yamato, un jeune Coordinateur, et ses amis semblent vivre des jours heureux loin de ces tensions... Cependant, des prototypes secrets de Mobile Suit appartenant l'Alliance Terrienne sont développés sur cette colonie, et ZAFT, l'armée des Coordinateurs, ne compte pas se laisser faire...
Kira, sans le vouloir, parviendra-t-il à prendre en main le GAT-X105 Strike, et surtout à faire face à son meilleur ami Asran Zala, qu'il a perdu de vue et qui s'est depuis engagé dans l'armée ennemie ?