Code Geass Hangyaku no Lelouch R2 est la suite des aventures de Lelouch Lamperouge, fils déchu de l'empereur de Britannia. Cette dernière est la première puissance mondiale et soumet les pays trop faibles grâce à sa technologie militaire avancée nommée Knightmare. Il s'agit de robots manipulés par les humains et fournis en armes. Lelouch a créé un groupe de révolutionnaires dans la zone 11, ancien Japon, puis a pris le pouvoir après une âpre lutte, s'opposant à Britannia, afin de créer un monde plus beau dans lequel pourra vivre sa sœur Nanaly, handicapée après l'attentat qui verra la mère de Lelouch être assassinée. Il a reçu d'une étrange personne nommée C.C. un pouvoir nommé Geass, qui lui permet de donner des ordres absolus par contact visuel aux gens qui l'entourent. Entouré de mystère et renommé Zero, il est implacablement l'ennemi public numéro 1, mais soutenu par le peuple.
Le nœud du problème est qu'il doit affronter son ami d'enfance, le lieutenant Kururugi Susaku, pilote du redoutable Knightmare Lancelot, de la dernière génération. Celui-ci semble juste un adversaire coriace ignorant l'identité de Zero, mais il finira pas découvrir le pot au rose et affronter en face à face Lelouch, partagé entre la haine et l'amitié.

La saison 1 se clôture sur ces faits, voyons maintenant ce que réserve le sort à nos héros.